庫房中如果發生異味一般是由于貯藏了具有強烈氣味或腐爛變質的食品揮發所致。這種異味能影響其他食品的風味，即所謂的“串味”，會降低食品質量和食用的口感。因此，如果發現庫內有較強異味，應及時找出原因并采取措施消除異味。
臭氧具有清除異味的功能。臭氧是三個原子的氧，用臭氧發生器在高電壓下產生，其性質極不穩定，在常態下即還原為兩個原子的氧氣，并放出初生態氧。初生態氧性質極為活泛，化合作用很強，具有強氧化劑的作用。因此，利用臭氧不僅可以清除空庫房異味，而且濃度達到一定程度時，還具有很好的消毒作用。
利用臭氧除異味和消毒，不僅適用于空庫，對于裝滿食品的庫房也很適宜。臭氧處理的效能取決于它的濃度，濃度越高，氧化反應的速度也就越快。由于臭氧是一種強氧化劑，長時間呼吸濃度很高的臭氧對人體有害。因此，臭氧處理時，操作人員最好不留在庫內，等處理后過2h再進入。利用臭氧處理空庫時，濃度可達40mg/m3。對有食品的庫，濃度則依食品和種類而定:魚類或干酪為1~2mg/m3，和蛋品為3mg/m'。如果庫內存有含脂肪較多的食品，則不應采用臭氧處理，以免脂肪氧化變質。此外，用甲醛水溶液(即福爾馬林溶液)或5%~10%(質量分數)的醋酸與5%~20%(質量分數)的漂白粉水溶液，也具有良好的除異味和消毒作用。這種辦法目前在生產中廣泛采用。
另外，新庫房投產前，因庫內氣體流通不暢，在管道安裝時有一定的電氣焊氣味、管道油漆的氣味，有現場發泡聚氨酯保溫層的化工氣味及管道反復氨試漏的氨氣味等混合氣味，因此有些廠是在空庫房里根據庫房面積大小放置一些酒精燈，用食用醋酸(或食用乳酸)放入器由里用酒精燈加熱揮發，也可達到去除異味和消毒的效果。如果舊空庫有魚腥味(原來放魚類產品)，要改為其他專用庫，也可用上述方法去除異味。
