漁船的冷海水冷卻保鮮有的還設置有冷卻海水艙，即采用低溫冷卻海水微凍保鮮。冷卻海水保鮮是將捕撈上來的魚放入溫度為-5~-1℃的冷卻海水中進行保鮮的一種方法。冷海水可分為機制冷海水和冰制冷海水兩種。隨著漁船的不斷改革更新，目前采用機制冷海水的也較為普遍。冷海水保鮮是在船艙內海水預制鹽的含量為10%~12%(質量分數)的海水溶液，用制冷裝置降至-5~-1℃。把挑選的魚貨裝入放在冷艙內的網袋中進行微凍保鮮。魚體的中心溫度約為-2~0℃。冷海水魚的保鮮期為20天以上。

冷海水保鮮的優點是魚貨冷卻速度快、用冷海水保鮮的魚貨不會失去天然的色澤和硬度，還能保持魚鯉的顏色和透明度、冷海水因有浮力，魚不會被擠壓受傷。其缺魚體在海水中浸泡，因滲鹽吸水使魚體膨脹，魚肉略帶成味，體表稍有變色，由于不停播動會出現魚貨脫鱗等現象。應注意保證循環冷水的回水通道不被魚鱗堵塞。

漁船冷海水冷卻是將捕獲魚族入0℃左右的冷卻海水中進行冷卻保溫的方法。這種方法冷卻速度快，可在很短時間內均勻地使魚體達到冷卻狀態，能夠獲得較好的保鮮效果。冷海水保鮮常用于產量大而集中的中上層集群潤游魚類的漁船和冷藏運輸船上。