由于氣調庫的建筑、設備的特殊性，氣調庫的安全管理也是十分重要的工作。
1.庫房圍護結構的安全管理
氣調庫是一種對氣密性有特殊要求的建筑物，庫內外溫度的變化，以及在氣調設備的運行中，都可能引起庫房圍護結構兩側壓差變化。壓差值超過一定限度，就會破壞圍護結構，這點不可因氣調庫設置了安全閥和氣調庫就掉以輕心。
2.人身安全管理
要求氣調庫的操作、管理人員，一定要掌握安全知識。氣調庫內氣體不能維持人的生命，不可像出入冷藏庫那樣貿然進入氣調庫;必須熟練掌握呼吸裝置的使用。
為了更好地保證人身安全，必須制定下列管理措施.以防止發生人身傷亡事故。
(1)在每扇氣調庫的氣密門上書寫醒目的危險標志;庫內缺氧，未戴氧氣罩者嚴禁入內;封庫后，氣密門及其小門應加鎖，防止其他人員誤入。
(2)需進入氣調庫維修制冷設備或檢查貯藏質量時，需兩人同行，均戴好呼吸裝置后，一人入庫，一人在觀察窗外觀察，嚴禁兩人同時入庫作業。
(3)至少要準備兩套完好的呼吸裝置，并定期檢查其可靠性。
(4)開展經常性的安全教育。使所有的操作管理人員具有強烈的安全意識。
