1. 貨架期短
冷卻肉雖處于低溫控制下（0~4℃），但肉上仍有一些細菌，低溫僅使這些細菌的生長繁殖受到抑制，如果在運輸、貯藏、銷售過程中溫度控制不當，這些細菌就會大量生長和繁殖，最終導致冷卻肉發生腐敗變質。貨架期短的問題一直是限制冷卻肉大量推廣和普及的最重要問題之一。目前最有效的方法是加強從原料（家畜）到屠宰、分割等整個加工過程中的衛生管理，并結合先進的屠宰加工工藝，盡量降低肉體上的細菌數，同時運用合理的包裝，并嚴格控制運輸、銷售過程中的溫度，這樣可使冷卻肉的貨架期達到15天以上。
2. 表面褐變
冷卻肉的表面褐變是冷卻肉在銷售過程中常出現的一種情況。所謂褐變，是指冷卻肉由原來的鮮紅色變為褐色的過程。冷卻肉在銷售過程中可能會呈現出三種顏色，即鮮紅色、暗紅色和褐色。這三種顏色是肉中肌紅蛋白與環境中的氧氣之間發生的正常反應所致。雖然暗紅色和褐色的肉，其內在質量和可食性在一定時間內并沒有降低，但是，考慮到食品安全性，發生褐變的肉要及時下架處理。目前國外常通過氣調包裝或胴體到超市后再分割等措施來相對延長冷卻肉的顏色穩定性。
3. 滲出物
肌肉組織中的滲出物損失是不可避免的。滲出物可積聚于真空包裝袋內，易滋生大量的微生物且引起消費者對冷卻肉感官上的不舒服，而目前尚沒有徹底解決這一問題的方法。方便的運輸條件及貯存期間保持最佳溫度對減少滲出物的損失是非常必要的，另外可以通過往袋內添加吸水墊來緩和。
