舒適性用途的中央空調系統由于受使用時間和氣候的影響，其運行是間歇性的。當不需要繼續使用或要定期保養維修或冷凍水供水溫度低于設定值而停止冷水機組制冷運行時，為正常停機；因冷水機組某部分出現故障而引起保護裝置動作的停機為故障停機。到停用時間（如寫字樓下班、商場關門等）需要停機或要進行定期保養維修需要停機或其他非故障性的人為主動停機，通常都是采用手動操作；冷凍水供水溫度低于設定值和因故障或其他原因使某些參數超過保護性安全極限而引起的保護停機，則由冷水機組白動操作完成。

一般來說，空調用水冷冷水機組及其水系統的停機操作順序是其啟動操作順序的逆過程，即冷水機組→冷卻水泵→冷卻塔→冷凍水泵→空氣處理裝置。需要引起注意的是，冷水機組壓縮機與冷卻水泵的停機間隔時間，應能保證進入冷凝器內的高溫高壓氣體制冷劑全部冷凝為液體，且最好全部進入貯液器；而冷水機組壓縮機與冷凍水泵的停機間隔時間，應能保證蒸發器內的液態制冷劑全部氣化且變成過熱氣體，以防凍管事故發生。