新型冷藏集裝箱的制冷裝置，已完全在電子元件組成的電腦控制下工作。制冷機可以在最佳工況下安全運行。新的制冷系統可以根據壓縮機排氣壓力高低，自動調節冷凝風機的轉速。制冷壓縮機可以根據微電腦發出的熱負荷信號，自動調節轉速，調節制冷量, 壓縮機排出溫度過高時，微電腦則發出信號，開啟噴液電磁閥，降低壓縮機排氣溫度，同時冷卻壓縮機。

為了執行保護大氣臭氧層的有關協議，制冷裝置的制冷劑R12已被R134a, R22及R404a等工質所替代。新制冷工質不僅滿足了原R12工質的制冷性能，而在工作溫度范圍也有所增大。日本“大金”(Dakin)公司新造的超級冷藏集裝箱采用R22制冷工質，可以在環境溫度-20~45℃范圈內工作，冷藏集裝箱內溫度可控制在-50~-150℃之間。并具有±1℃的控制精度。